怀孕3个月时阴道出现褐色分泌物，可能涉及多种原因，以下是对这些可能原因的详细解释及建议：

一、胎儿及胎盘问题

先兆流产：可能由于孕酮不足、胚胎染色体异常、孕妇患全身性疾病(如严重感染、高热、严重贫血等)、过多接触放射线和有害化学物质等引起。表现为阴道流血，量较少，进而出现褐色分泌物，可能伴有下腹部阵发性紧缩感或疼痛感。孕妇应适当休息、减少活动量、补充营养物质，并在医生指导下使用孕激素进行保胎治疗。如果阴道流血停止，超声检查提示胚胎存活，可继续妊娠;如果临床症状加重，流产不可避免，需及时终止妊娠。

胎盘位置低：怀孕3个月属于孕早期，子宫腔相对较小，胎盘刚刚形成，往往会附着在子宫下段，或者胎盘下缘达到或覆盖宫颈内口，可能造成少量阴道流血，进而出现褐色分泌物。

胎盘前置：也可能导致褐色分泌物的出现。

胎儿停育：胚胎组织与子宫壁分离，体内的激素水平下降，进而造成阴道出血，可表现为褐色分泌物，常伴随腹痛。

二、宫颈问题

宫颈炎：若孕妇患有宫颈炎，炎性物质会破坏宫颈组织，造成宫颈出血，主要表现为异常阴道出血，出血量较少时通常是褐色分泌物，可伴随外阴瘙痒、性交疼痛等。可以通过做好个人局部护理和多休息的方式缓解，必要时及时就医。

宫颈息肉：褐色分泌物可能源自宫颈或宫颈管内息肉出血，多为慢性宫颈炎引起。遇此类情况，孕妇应尽快就医，进行阴道宫颈检查，必要时行宫颈息肉摘除术。

宫颈机能不全：宫颈内口松弛时，诊断宫颈机能不全，可有少量阴道褐色分泌物，是宫颈进行性缩短，宫颈内口处胎膜与宫壁分离的表现。

三、感染或炎症

阴道炎：妊娠期抵抗力较差，可能患上阴道炎。炎症刺激会使阴道黏膜充血和水肿，少量血液渗出，可形成褐色分泌物，伴有外阴瘙痒、灼热等症状。可以每天用温开水清洗的方式缓解，同时需要定期产检。

四、激素水平变化

正常现象：仅有少量褐色分泌物，没有伴随其他异常，可能是正常现象。妊娠三个月处于妊娠早期，激素水平变化大，可导致少量子宫内膜脱落，从而形成褐色分泌物。

五、其他因素

子宫收缩：孕妇过于劳累或性生活刺激，可能引起子宫收缩，继而出现褐色分泌物。孕妇应卧床休息，及时去医院进行彩超检查，观察胎儿和孕妇的具体情况，在医生指导下使用抑制子宫收缩的药物进行治疗。

异位妊娠：以输卵管相关病变较为多见，典型症状为腹痛，阴道不规则流血，色暗红，量少，进而可出现褐色分泌物的情况，可遵医嘱应用药物治疗或手术治疗。

综上所述，怀孕3个月时出现褐色分泌物的原因多种多样。孕妇应提高警惕并及时就医，通过专业医生的检查和诊断，明确原因并采取针对性的治疗措施。同时，孕妇应注意休息、保持良好心态和营养均衡的饮食，以促进胎儿的健康发育。