如果怀孕期间自己不知道怎么流产了，是否能流干净取决于多种因素，包括怀孕的时间长短、胚胎的大小以及流产的方式等。

一、自然流产

怀孕时间短，胚胎小：如果怀孕的时间比较短，胚胎比较小，多数自然流产是能够流干净的。自然流产是身体自然排出胚胎和附属物的过程，有时可能不需要额外的医疗干预。

怀孕时间长，胚胎大：但如果怀孕的时间比较长，胚胎体积比较大，自然流产往往不能够把全部的胚胎排出来。这种情况下，可能需要进行清宫手术，以清除宫腔内残留的组织物，避免持续出血和不良后果的发生。

二、药物流产

如果是自行选择药物流产，但并未按照医嘱正确服用或监测，那么流产的效果可能无法保证。药物流产的原理是通过药物促使胚胎排出，但存在流产不全的风险。如果药物流产后出血时间过长或出血量过多，应及时就医检查，必要时进行清宫手术。

三、注意事项

就医检查：无论是否知道流产的原因，流产后都应及时就医进行彩超检查，以确认宫腔内是否干净。

保持卫生：流产后要注意阴部卫生，勤换洗内衣裤，避免感染。

合理饮食：流产后饮食要清淡，避免辛辣、油腻、生冷的食物，多吃高蛋白、维生素丰富的食物。

休息充足：流产后要多卧床休息，保证充足的睡眠，避免过度劳累。

避免同房：流产后一个月内禁止同房，以免引发感染或再次怀孕。

四、总结

怀孕自己流产了是否能流干净，需要根据具体情况而定。如果自然流产能够流干净，则无需额外处理;如果自然流产或药物流产未能流干净，则需要进行清宫手术。无论哪种情况，流产后都应及时就医检查，并遵循医生的建议进行后续处理。